Druga seria, kończąca przygodę Stargate Universe, za nami, pozostawiając zarazem pytanie o przyszłość seriali sci-fi. Nie jest dobrze, ale wpierw kilka słów o tym, jak też postanowiono rozwiązać przygody załogi Destiny.
Rozpracowanie kodu, za pomocą którego porozumiewają się ze sobą statki-matki dla dron, okazuje się poważnym ciosem dla morale załogi. Okazuje się, że tropiciele i niszczyciele obcej technologii czają się przy każdych wrotach w obecnej galaktyce. W praktyce niemożliwym okazuje się uzupełnianie zapasów bez narażenia się na walkę. Zmodyfikowanie systemu osłon na wiele się nie zdaje – Destiny nie poradzi sobie z zagrożeniem i załogę czeka niewesoła przyszłość. Ratunkiem ma się okazać pomysł udania się do innej galaktyki, wolnej od zagrożenia. Problem jednak w tym, że taka podróż, nawet przy sprzyjających warunkach, potrwa minimum 3 lata. Zapasów, jak i energii, nie wystarczy dla wszystkich na tak długą podróż. Problem rozwiązują umieszczone na statku kapsuły. Dzięki nim postać zasypia, zaś jej metabolizm zostaje wstrzymany.
Załoga otrzymuje możliwość pożegnania się z bliskimi na wypadek, gdyby coś poszło nie tak. Wkrótce okazuje się, że nie wszystkie kapsuły są sprawne. Wahadłowiec zostaje użyty jako przynęta, podczas gdy mały zespół otwiera wrota i zdobywa cenny surowiec, który posłuży do naprawy uszkodzonych komór. Wciąż jednak pozostaje jedna, zniszczona w trakcie któregoś z ataków. Ochotnikiem pragnie zostać Rush, ale ostatecznie na poświęcenie decyduje się Eli. Ma dwa tygodnie na znalezienie rozwiązania, ale widać, że wcale nie liczy się z możliwością sukcesu. Ostatnia scena to Eli, stojący samotnie na pokładzie obserwacyjnym Destiny.