Gatunek homo superior nigdy nie miał łatwo, ale po wydarzeniach z "Rodu M" wisi nad nim widmo wyginięcia, bowiem na Ziemi nie rodzą się już żadni nowi mutanci. Żadni? Z małym wyjątkiem.

Kiedy X–Men zastanawiają się nad nieuniknionym końcem ich gatunku, na świat przychodzi dziecko z genem X i od razu wywołuje nie lada zamieszanie. Nowo narodzone homo superior szybko staje się trudne do namierzenia, a w ślad za mutantem podążają zarówno chcący ocalić gen X, jak i pragnący wykorzystać dziecko do sobie tylko wiadomych celów. Rozpoczyna się wojna, w której stawką jest przetrwanie X–Men. W czym zresztą nie pomaga wtrącanie się profesora Xaviera w sposób kierowania drużyną przez Cyclopsa.

Zasadniczo "Kompleks mesjasza" zwiastował niezgorszą fabułę. Sprzeczki związane z kompetencjami przywódczymi Xaviera i Summersa, nowa nadzieja dla X–Menów i wielka wojna o przyszłość lub zagładę gatunku – mieszanka może nie najbardziej pomysłowych motywów, ale wystarczających, aby liczyć na smaczne danie w superbohaterskim sosie. Tyle że takiego dania nie dostajemy.