Serwisowi Poligon udało się pociągnąć za język Warrena Spectora ojca-dyrektora czuwającego nad "System Shock 3" (przy okazji człowieka pracującego przy takich hitach jak: "System Shock 1", "Thief: The Dark Project", "Thief: Deadly Shadows", dwie części "Ultima: Underworld", "Deus Ex", "Deus Ex: Invinsible War" i mnóstwo gier, których wymienianie zajmie sporo miejsca). Dzięki temu do internetu trafiły pierwsze informacje na temat zbliżającego się hitu.

Jako główny zły (lub raczej zła) powróci ulubienica graczy – Shodan. Spector obiecuje, że w trzeciej części zostanie wytłumaczone czemu chciała zniszczyć całą ludzkością (oprócz oczywiście bycia zwariowaną AI). Powróci 6 osób, które przeżyło wcześniejsze wydarzenia w tym dwóch głównych bohaterów: Haker i Żołnierz G65434-2 (znany też jako Gogle, albo Nah man). Fabuła rozpocznie się w momencie cliffhangera kończącego drugą część. W trzeciej części znajdą się odpowiedzi na wszystkie nieodpowiedziane pytania dręczące osoby, którym udało się pokonać przeciwności występujące na Cytadeli i Von Braunie. Poznamy przeszłość Edwarda Diego, jednej z ważniejszych postaci pierwszej części. Powrócą etapy rozgrywające się w cyberprzestrzeni wygenerowanej przez Shodan. Oprócz tego Spector obiecuje, że w grze znajdzie się odbicie współczesnych obaw dotyczących rozwoju AI i modyfikacji ciała za pomocą technologii.

Do projektu dołączyli również znani projektanci gier: rysownik Arturo Pulecio (Warhammer Online i Epic Mickey, Sheldon Pacotii (jeden ze scenarzystów "Deusa Exa") i Doug Church ("Deus Ex", "System Shock 2" i trylogia "Thief").