Po dość długim milczeniu autorzy Star Trek Online wreszcie ujawnili kolejne ciekawostki, tym razem dotyczące frakcji. Klingoni, rasa wojowników z planety Qo'noS i wrogowie Zjednoczonej Federacji Planet, nie będą dostępni w początkowych stadiach rozgrywki. Według Cryptic Studios odblokowanie frakcji zajmie graczom kilka godzin, jednakże nie obędzie się bez miłego zaskoczenia. Klingoni będą bardziej przeznaczeni do rozgrywki typu PvP i będą posiadać swoiste zdolności. Autorzy zapewniają również, że w przyszłości nie omieszkają wprowadzić kolejnych ras. Plotki głoszą, że w grę wchodzą Romulanie i Kardasjanie.